Палеоботанична колекция

Палеоботаничната колекция на Института по ботаника включва приблизително 16000 образци с фосилни растения, намерени в повече от 100 находища в България. Колекцията се състои предимно от листни отпечатъци, но включва и значителен брой фосилизирани плодове и семена. Тя предоставя доказателства за геоложката история на растенията от Балканския полуостров през неозойската ера (от еоцена до плиоцена). С най-голямо разнообразие са представени висшите растения (папрати, голосеменни и покритосеменни) от миоценската епоха. Образците от фосилни растения от еоценски, олигоценски и плиоценски седименти също са добре представени. Попълването на колекцията с нови фосилни образци продължава.

Еталонна палинологична колекция

Еталонната палинологична колекция на Института по ботаника включва 7270 микроскопски препарата с полен от 2811 вида на 232 съвременни растителни семейства. Колекцията е съставена от поленови препарати на растения от естествената флора на България, но включва и поленови препарати от тропични и субтропични растения. Поленовите зърна притежават специфична морфология, която позволява да с помощта на поленовия анализ да се идентифицират продуциралите ги растения, напр. когато поленовия анализ се използва за реконструкция на историята на растителността през неозойската ера и оценката на въздействието на климатичния и антропогенния фактор върху еволюцията на флорите. Колекцията се използва и като източник на справочна информация при определянето на полена в повърхностни проби и поленови уловители, във въздуха (аеропалинология) или в пчелен мед (мелисопалинология).

Сравнителна колекция от листа и плодове/семена от съвременни растения

Колекцията от листа и карпоиди (семена и плодове) при Института по ботаника включва приблизително 6000 образци от съвременни растения, разпространени главно в субтропичните и тропични области на Централна Северна Америка, Карибските острови, Африка, Източна и Югоизточна Азия. Тя се използва като източник на справочна информация при определянето на съвременните аналози на фосилните растения.

Кутикуларна колекция

Кутикуларната колекция при Института по ботаника включва 2720 микроскопски препарата с кутикули от съвременни и фосилни растения. Колекцията е съставена главно от кутикули на съвременни растения разпространени в България, но включва и значителен брой микроскопски препарати с кутикули от растения разпространени в Азия, Северна Африка и Средиземноморската област, Северна и Южна Америка.