Секцията е основана през 1947 г. като едно от основните структурни звена на Института по ботаника за разнообразни проучвания в областта на растителната систематика. През 1957 г. под ръководството на д-р Борис Ахтаров, секцията се превръща в секция „Растителна систематика”. От 1959 до 1962 тя се ръководи от акад. Николай Стоянов, а от 1962 г. от акад. Даки Йорданов. От 1970 до 1997 ръководител на секцията е ст.н.с. I ст. дбн Стефан Кожухоров, а след него и понастоящем ръководител на звеното е ст.н.с. I ст. дбн Минчо Анчев.

Хербариумът за висши растения (SOM) е под научното управление на секцията.

Основни научни области на изследване: таксономия, фитогеография, видообразуване и еволюция на бриофити, папрати и цветни растения; опазване на редки и застрашени видове растения и техните местообитания; разпространение и мониторинг на чужди и инвазивни видове.

Личен състав на секцията:

Минчо АНЧЕВ ст.н.с. I ст. дбн, Ръководител секция
Ана В. ПЕТРОВА, ст.н.с.II ст., д-р
Светлана БАНЧЕВА, ст.н.с.II ст., д-р
Десислава ПЕТКОВА-ВАРАДИНОВА, н.с. I ст., д-р
Райна НАЧЕВА, н.с. I ст., д-р (лична страница в: http://www.bryology-bg.hit.bg/)
Владимир ВЛАДИМИРОВ, н.с. II ст.
Даниела ИВАНОВА, н.с. II ст.
Пепа СТАНИМИРОВА, н.с. III ст.
Стоян СТОЯНОВ, н.с. III ст.
Валентина ГОРАНОВА, биолог-специалист
Валери ГЕОРГИЕВ, биолог-специалист, системен администратор на ИБ и отговорник на ГИС лаборатория
Петко ГЕРГИНОВ, биолог-специалист
Росен ГОРГОРОВ, биолог-специалист
Велка КОСТОВА, биолог-специалист
Надежда ХРИСТОВА, техник
Розалия ГЕНАДИЕВА, техник

Основни проекти, в които съставът на секцията участвува или е взел участие

Текущи проекти:
• Флора на Република България (1963-1995-)
  Дългосрочен национален проект за изучаване на висшите растения на територията на страната. Натрупаното познание по време на проекта (10 публикувани тома) служи за основа за опазване на биоразнообразието и устойчиво развитие на естествените екосистеми в източната част на Балканския п-ов. Флората осигурява информация за таксономичвия състав и таксономична структура, ключове за определяне на родове и видове, както и данни за вътревидовото разнообразие. Растителните видове са съпроводени с морфологични описания и информация за периода на цъфтежи, разпространение в страната и общо разпространение, икономическо значение (за някои от видовете). „Флора на Р България” съдържа синонимни блокове за всички видове и изчерпателна иконография. С публикуването на том X през 1995 г., броят на видовете включени в многотомното издание, достигна 2972. Том XI се очаква да излизе от печат през втората половина на 2007 г. Той обхваща семействата Dipsacaceae, Campanulaceae и първата част на Asteraceae подсем. Asteroidae (Eupathorieae до Senecioneae). Осемдесет и две таблици илюстрират морфологичните особености на 256 диворастящи вида, включени в този том.
• База данни и информационна система за биоразнообразието на българските висши растения (2005-2008);
• Червена книга на Р България. Том 1. Растения и гъби. (2005-2007);
• Атлас на Флората на Европа (1969- ) (международен проект);
• Еволюционни механизми и биологично разнообразие в подрод Rumex (Rumex, Polygonaceae) в България;
• Биосистематични и фитогеографски изследвания на Brassicaceae (Cardamine, Hesperis и Thlaspi) и на род Hieracium (Asteraceae) в Южна Европа (2006-2008) (международен проект);
• Биосистематично проучване на Centaurea parlatoris група в Сицилия (международен проект);
• Биосистематика, таксономия и разпространение на Taraxacum и Juncaceae на Балканския п-ов и Централна Европа (международен проект);
• Молекулярни маркери в растителната таксономия – RAPD в таксономичното проучване на Galanthus (Amaryllidaceae) в България (2005-2006);
• Сравнителни таксономични и биосистематични проучвания на Hieracium и Pilosella във флората на България и Турция (2006-2008) (международен проект);
• Проект PHYTO-Monitor;
• Програма „Важни места за растенията” (Important Plant Areas) (2006-2008).

Завършени проекти:
• Списък на защитени растителни видове като част от Закона за биологичното разнообразие (2002);
• Национална стратегия за опазване на биологичното разнообразие (1993/1994);
• Национален план за опазване на биологичното разнообразие (2000);
• Биоразнообразието на Национален парк „Рила” (2000);
• Биоразнообразието на Национален парк „Централен Балкан” (2000);
• Бази данни за растителното разнообразие и консервационната значимост на защитени и предложени за защита територии: Национален парк „Рила”, Национален парк „Централен Балкан”, Природен парк „Рилски манастир”, „Трънски карст”, „Виден”;
• Червени списъци на висши растения и гъби с прилагане на критериите на IUCN;
• Програма „КОРИНЕ Биотопи” (1994-1996);
• Програма „Важни места за растенията” (Important Plant Areas) (2000-2003);
• База данни за растенията в Евромедитеранската област (The Euro+Med PlantBase) (2000-2003);
• Национална инвентаризация на пасищата - проект България (2001-2004);
• База данни с информация за биологичните колекции в Европа (BioCASE) (2001-2005);
• НАТУРА 2000 (2003, 2005, 2007);
• Мултифункционално интегрирано проучване на р. Дунав и водосбора й (MIDCC) (2002-2005);
• Анализ на геномния размер: приложение в растителната систематика (2003);
• Национална платформа за биоразнообразие (European Platform for Biodiversity, 5FP of EC);
• Национална самооценка на възможностите на България за глобално управление на околната среда (National Capacity Self-Assessment);
• LIFE-Natura 2000 – опазване in sito и ex situ на Abies nebrodensis (Lojac.) Mattei;
• Алтернативни подходи за биопродукция на алкалоиди и активни вещества от български редки и застрашени лечебни растения (2001-2006) (NATO-SFP974453).
• Периодичен преглед на българските биосферни резервати и прилагане на стратегията от Севиля (2003).